Study of human SP-A, SP-B and SP-D loci: allele frequencies, linkage disequilibrium and heterozygosity in different races and ethnic groups

Table 3 Estimated two-locus haplotype frequencies and linkage disequilibrium coefficients in the seven ethnic groups

Loci	Haplotype	Black Am		Nigerian		Mexican		German		Greek		Netherlands		White Am
		freq ^(a)	LD ^(b)	freq	LD	freq	LD	freq	LD	freq	LD	freq	LD	freq	LD
B-18(A/C)	AC	0.63	0.08	0.57	0	0.52	0.20	0.55	0.17	0.52	0.22	0.71	0.16	0.52	0.16
--	CA	0.13	0.08	0.06	0	0.40	0.20	0.32	0.17	0.42	0.22	0.23	0.16	0.32	0.16
B1013(A/C)	CC	0.24	-0.08	0.24	0	0.07	-0.20	0.08	-0.17	0.03	-0.22	0.04	-0.16	0.10	-0.16
	AA	0	-0.08	0.13	0	0.02	-0.20	0.05	-0.17	0.03	-0.22	0.02	-0.16	0.06	-0.16
DA11(C/T)	CG	0.40	0.04	0.38	0	0.39	0.18	0.38	0.12	0.34	0.05	0.27	0.14	0.40	0.16
--	TA	0.10	0.04	0	0	0.48	0.18	0.36	0.12	0.26	0.05	0.54	0.14	0.39	0.16
DA160(A/G)	TG	0.49	-0.04	0.62	0	0.12	-0.18	0.20	-0.12	0.27	-0.05	0.17	-0.14	0.2	-0.16
	CA	0	-0.04	0	0	0.01	-0.18	0.07	-0.12	0.13	-0.05	0.03	-0.14	4E-3	-0.16
SP-A2	1A ⁰6A ²	0.19	0.07	0.20	0.08	0.47	0.22	0.55	0.23	0.50	0.23	0.60	0.18	0.50	0.20
--	1A ¹6A ³	0.11	0.02	0.11	-0.07	0.09	0.07	0.15	0.11	0.17	0.11	0.07	0.06	0.13	0.10
SP-A1 ^(c)	1A ²6A ³	0.14	0.07	0.18	0.09	0.05	0.04	0.05	0.03	0.06	0.03	0.03	0.02	0.04	0.02
	1A ⁰6A ³	0.10	-0.01	0.08	-0.03	0.04	-0.06	0.03	-0.14	0.03	-0.13	0.04	-0.08	0.03	-0.10

(a) Estimated haplotype frequency (b) Estimated linkage disequilibrium coefficient (c) only common haplotypes are shown here.

ISSN: 2730-6844